آقابابایی علاوه بر تجربه حضور در نظام بانکی کشور، دارای سوابق مدیریتی در بازار سرمایه و نهادهای مالی نظیر شرکتهای سرمایهگذاری و کارگزاریها است.
وی پیش از این بعنوان مدیرعامل شرکت سرمایهگذاری سپه به خدمت مشغول بود و قبل از آن مدیریت عامل صندوق تثبیت بازار سرمایه را بر عهده داشت.
آقابابائی دارای مدرک دکترای علوم اقتصادی از دانشگاه تهران و عضو هیأت علمی دانشگاه خوارزمی است.